巧克力囊腫的治療藥物需根據個體情況在醫生指導下選擇，常用藥物包括促性腺激素釋放激素激動劑、口服避孕藥和孕激素類藥物。
1、促性腺激素釋放激素激動劑：
這類藥物通過抑制垂體分泌促性腺激素，降低雌激素水平，使異位子宮內膜組織萎縮。常見藥物有亮丙瑞林、戈舍瑞林等，可有效緩解疼痛并縮小囊腫體積。用藥期間可能出現類似更年期的副作用，需配合醫生進行骨密度監測和反向添加治療。
2、口服避孕藥：
復方口服避孕藥能抑制排卵和子宮內膜生長，改善痛經癥狀并控制病情進展。常用藥物含炔雌醇和孕激素成分，需注意可能存在的血栓風險。對于暫時無生育需求的患者，可作為長期管理方案。
3、孕激素類藥物：
地諾孕素等高效孕激素能直接作用于子宮內膜，使其蛻膜化萎縮。這類藥物耐受性較好，適合不能使用雌激素的患者。需定期監測肝功能，可能出現不規則陰道出血等反應。
巧克力囊腫患者日常需保持低脂高纖維飲食，適量補充歐米伽3脂肪酸有助于減輕炎癥。規律進行瑜伽、游泳等低強度運動可改善盆腔血液循環，但要避免劇烈運動引發囊腫破裂。注意記錄月經周期和疼痛變化，每3-6個月復查超聲。心理上需正確認識疾病特性，避免過度焦慮，可通過冥想、音樂療法緩解壓力。合并貧血時應增加動物肝臟、菠菜等富鐵食物，經期避免生冷刺激飲食。藥物治療期間嚴格遵醫囑復診，不可自行調整用藥方案。
