卵巢囊腫沒有特效的藥物來進行治療，首先生理性的卵巢囊腫，因為它可以自然消失，不需要藥物治療，但對于一些病理性的卵巢囊腫，要根據它的類型來選擇用藥，比如卵巢巧克力囊腫也是常見的一種卵巢囊腫類型，它有好多藥物可以治療，比如一些激素類的藥物，還有調節月經周期的藥物可以選擇使用。但哪個藥物最好沒有固定的答案，要根據病人的身體狀況、年齡、有沒有生育要求來選擇適合她的治療藥物。
卵巢囊腫在婦科疾病中是比較常見的一種，一般是分為病理性囊腫和生理性囊腫這兩種的，這種疾病會出現在每個年齡段，一旦患上此病，患者最關心的就是治療方法，患者都希望能夠通過服用藥物來達到治療的效果。那么，卵巢囊腫用什么藥最好？
根據個人體質和致病原因的不同，醫生會選擇多種藥物來活血化瘀，散去體內淤積的患處。但是如果腫瘤的性質值得懷疑，或者是生長的位置不太好，引起嚴重的功能性障礙例如不孕不育，那就不是吃藥那么簡單了，醫生會建議做更深一層的治療，這個時候需要積極地配合醫生。
臨床上發現卵巢囊腫的癥狀主要有月經經血過多、小腹墜脹、不孕不育，那么中醫就要采取活血化瘀、行氣活血的方法進行對癥下藥。基本上是在此方的基礎上進行加減：海藻15g、白芥子12g、薏苡仁20g、夏枯草12g、三棱10g、莪術10g、南星6g、赤芍6g、桃仁10g、甘草6g。
其中海藻、夏枯草、白芥子能化痰消腫、軟堅散結，三棱、莪術、桃仁、赤芍會起到理氣行血、活血化瘀的功效，而南星、薏苡仁能明顯化濕祛痰，這些藥物共同作用，能夠達到化痰濕、通氣血、消囊腫的功效。
此外，藥物無法醫治時需要通過手術來進行治療，治療方式取決于患者年齡，是否惡性，囊腫的體積，部位，生長速度，是否保留生育功能等因素而定。
