硫酸羥氯喹片可通過抑制免疫反應、調節溶酶體功能、抗炎等機制治療自身免疫性疾病，通常由瘧原蟲感染、系統性紅斑狼瘡、類風濕關節炎等疾病引起。
硫酸羥氯喹片通過抑制Toll樣受體信號通路降低自身抗體產生，適用于系統性紅斑狼瘡患者。該藥物能減少干擾素-α的分泌，改善皮膚紅斑和關節腫痛癥狀。長期使用需監測血常規避免粒細胞減少。
作為4-氨基喹啉類衍生物，藥物可破壞瘧原蟲的消化酶系統。其通過升高瘧原蟲體內pH值抑制血紅素聚合，對氯喹敏感的間日瘧原蟲有效。熱帶地區旅行者可作預防用藥。
藥物抑制中性粒細胞趨化和炎癥因子釋放，減輕類風濕關節炎的滑膜增生。臨床表現為晨僵時間縮短、關節腫脹緩解。需聯合甲氨蝶呤增強療效，注意視網膜毒性累積風險。
羥氯喹可阻斷紫外線誘導的皮膚損傷，降低盤狀紅斑狼瘡患者光敏反應。可能與抑制角質形成細胞凋亡有關，使用期間仍需避免強烈日曬，建議配合SPF50+防曬霜。
藥物可能改善胰島素抵抗，降低糖尿病患者血糖水平。機制涉及調節脂肪細胞因子分泌，但需警惕低血糖風險。長期服用者每6個月應進行眼底檢查和血糖監測。
使用硫酸羥氯喹片期間建議保持均衡飲食，適量補充維生素D和鈣質，避免與高脂餐同服影響吸收。定期進行快走、游泳等低沖擊運動維持關節功能，用藥前需完善心電圖和眼科基線檢查，治療中每3個月復查肝功能、視野檢查，出現視物模糊或肌肉無力立即就診。
