單純性腎囊腫通常無明顯癥狀，部分患者可能出現腰部鈍痛、血尿、腹部包塊、高血壓及尿路感染等表現。
囊腫增大壓迫腎包膜或周圍組織時，可能引發單側腰部持續性隱痛或脹痛，活動后可能加重。疼痛通常局限在患側，無放射感。日常可通過熱敷或調整體位緩解，若疼痛劇烈需就醫排除囊腫破裂或出血。
囊腫壁血管破裂可能導致間歇性無痛性血尿，尿液呈洗肉水樣或醬油色。血尿程度與囊腫位置有關，靠近集合系統的囊腫更易出血。出現血尿時應避免劇烈運動，及時進行尿常規和影像學檢查。
巨大囊腫直徑＞5cm可在腹部觸診時捫及光滑囊性腫物，多位于肋緣下或側腹部。包塊隨呼吸移動，按壓有彈性感。體檢發現包塊需通過超聲或CT明確性質，避免誤診為腫瘤。
囊腫壓迫腎實質可能導致腎素-血管緊張素系統激活，引發血壓升高。此類高血壓多為難治性，收縮壓和舒張壓同步上升。控制血壓可選用纈沙坦、氨氯地平等藥物，同時監測腎功能變化。
囊腫合并感染時會出現發熱、尿頻、尿急等癥狀，尿液檢查可見白細胞和細菌。致病菌多為大腸埃希菌，治療需根據藥敏結果選用左氧氟沙星、頭孢呋辛等抗生素，感染控制后建議手術引流。
單純性腎囊腫患者日常需限制高嘌呤飲食，避免動物內臟和酒精攝入；適度進行快走、游泳等低沖擊運動；每6-12個月復查超聲監測囊腫變化。若出現持續腰痛、反復血尿或腎功能異常，需考慮超聲引導下穿刺抽液或腹腔鏡囊腫去頂術等治療。
