甲狀腺乳頭狀癌的預后相對較好，10年生存率可達90%以上，具體生存期與腫瘤分期、治療時機及個體差異密切相關。
腫瘤大小、是否轉移和年齡是影響預后的關鍵因素。直徑小于2厘米且未突破包膜的腫瘤T1期治愈率超過95%，而出現淋巴結轉移N1期或遠處轉移M1期時生存率會下降。年輕患者＜55歲的預后顯著優于高齡群體。
手術切除是核心治療手段，包括甲狀腺全切術和中央區淋巴結清掃術。術后根據情況輔以放射性碘131治療，針對無法手術的病灶可考慮靶向藥物樂伐替尼、索拉非尼或安羅替尼。
術后需定期檢測甲狀腺球蛋白和頸部超聲。局部復發可通過再次手術控制，遠處轉移灶多采用放射性碘治療。五年內復發率約15%，但二次治療后仍可獲得長期生存。
術后甲狀腺功能減退需終身服用優甲樂替代治療。規范用藥下患者可正常工作和生育，但需避免過度疲勞。聲音嘶啞、低鈣血癥等手術并發癥多數可在6個月內恢復。
高細胞型、柱狀細胞型等侵襲性亞型預后較差，需更積極的治療。BRAF V600E基因突變患者復發風險較高，建議加強隨訪密度至每3個月一次。
患者應保持低碘飲食，避免海帶紫菜等富碘食物，規律進行快走、游泳等有氧運動。術后每3-6個月復查甲狀腺功能及頸部超聲，出現聲嘶、骨痛等癥狀需及時就診。心理支持對緩解治療焦慮具有重要價值，可參與專業患者互助團體。
