大蒜素軟膠囊可能引起消化道不適、過敏反應、血液系統異常、肝功能異常、特殊人群風險等不良反應。
大蒜素可能刺激胃腸黏膜，常見癥狀包括惡心、腹脹或腹瀉。空腹服用時癥狀可能加重，建議隨餐服用減輕刺激。長期大劑量使用可能引發胃部灼熱感，需調整劑量或暫停用藥。
部分人群對大蒜成分敏感，可能出現皮膚瘙癢、紅斑或蕁麻疹。嚴重者可發生喉頭水腫等速發型過敏反應，需立即停藥并就醫。既往有植物過敏史者使用前應咨詢
大蒜素可能抑制血小板聚集，表現為牙齦出血、皮下瘀斑等出血傾向。與華法林、阿司匹林等抗凝藥物聯用可能增加出血風險，術前兩周應停用。
少數患者可能出現轉氨酶升高，表現為乏力、食欲減退。慢性肝病患者需監測肝功能指標，避免與對乙酰氨基酚等肝毒性藥物聯合使用。
孕婦哺乳期婦女缺乏安全數據，應避免使用。糖尿病患者可能增強降糖藥效果，需警惕低血糖發生。甲狀腺疾病患者可能干擾激素代謝，用藥期間需監測甲狀腺功能。
服用大蒜素軟膠囊期間應避免辛辣刺激飲食，適當補充益生菌調節腸道菌群。出現持續頭痛或心悸需立即就醫，服藥后兩小時內不宜進行高空作業等需高度集中注意力的活動。建議定期進行血常規和肝功能檢查，避免與魚油、銀杏葉提取物等具有抗凝作用的保健品同時使用。
