12歲男孩半夜起來亂跑可能是作息不規律、缺鈣、小兒抽動穢語綜合征、焦慮癥、睡眠行走等原因引起的，可以根據原因進行針對性處理。具體分析如下：

1.作息不規律：男孩正處于身體快速發育的時期，如果長期無法發泄體力、精力，過剩的體力和精力會導致作息習慣的不規律，身體無法保持正常的休息，可能會出現身體不適的癥狀。通常需要調整作息習慣，保持適當的運動，避免長時間熬夜。

2.缺鈣：男孩飲食上偏食，較少攝入鈣成分，會影響孩子骨骼的生長發育，還可能伴隨著肌肉痙攣、多汗等異常情況。家長可以在醫生的指導下給男孩服用碳酸鈣D3片、葡萄糖酸鈣口服溶液等藥物緩解癥狀。

3.小兒抽動穢語綜合征：一般是遺傳、神經異常等情況導致的，常表現為不自主、突發的一些動作。家長可以及時帶男孩接受心理治療，可以消除其自卑感，增強其治療的信心。

4.焦慮癥：男孩在遇到驚嚇會產生應激反應，會有焦慮情緒，并表現為逃避或依戀的行為，會出現半夜亂跑的情況。建議家長給男孩穩定、舒適的環境，必要時需要遵醫囑給男孩使用復方地西泮片、艾司唑侖片等藥物治療。

5.睡眠行走：該疾病是一種常見的睡眠障礙，男孩會在睡眠期間離床行走，甚至迅速離床奔跑。家長可遵醫囑給男孩使用鹽酸氯米帕明片、鹽酸阿米替林片等藥物進行治療，可以有效緩解該癥狀。

如果上述不適癥狀一直未緩解，建議及時到醫院進行檢查，明確病因后進行針對性治療，以免耽誤病情。