腸胃寧膠囊不可與鉍劑、抑酸藥、抗生素、含鞣質中藥、抗凝血藥等藥物合用。
腸胃寧膠囊中的活性成分可能與枸櫞酸鉍鉀、膠體果膠鉍等鉍劑產生化學反應，形成不溶性復合物，降低藥物吸收率。兩類藥物聯用會相互干擾療效，建議間隔2小時以上服用。
奧美拉唑、雷貝拉唑等質子泵抑制劑會改變胃內pH值，影響腸胃寧膠囊中黃酮類成分的溶解度和生物利用度。兩類藥物聯用可能減弱腸胃寧的黏膜修復作用，需錯開用藥時間。
諾氟沙星、左氧氟沙星等喹諾酮類抗生素與腸胃寧膠囊中的金屬離子可能發生螯合反應，降低抗生素血藥濃度。克拉霉素等大環內酯類抗生素也可能通過肝藥酶競爭影響腸胃寧代謝。
五倍子、地榆等富含鞣質的中藥與腸胃寧膠囊中的生物堿成分結合后會產生沉淀，不僅影響藥物吸收，還可能刺激胃腸黏膜。此類聯用需至少間隔1小時服用。
華法林、利伐沙班等抗凝藥物與腸胃寧膠囊中的活血化瘀成分可能存在協同作用，增加出血風險。聯用期間需密切監測凝血酶原時間，必要時調整抗凝藥劑量。
服用腸胃寧膠囊期間應避免飲酒及辛辣刺激飲食，適當增加山藥、南瓜等易消化食物攝入。合并用藥前建議咨詢醫師或藥師，定期復查肝腎功能。出現黑便、腹痛等異常癥狀需立即停藥就醫。
