小兒牛黃清心散需避免與中樞抑制劑、含鈣鎂鋁藥物、強心苷類藥物、酸性藥物及肝酶誘導劑合用。藥物相互作用可能導致藥效降低或毒性增強。
小兒牛黃清心散含朱砂等成分，與苯巴比妥、地西泮等中樞神經系統抑制劑聯用可能增強鎮靜作用，導致呼吸抑制或嗜睡加重。兒童神經系統發育不完善，需嚴格避免合用。
碳酸鈣、氫氧化鋁等抗酸藥物與牛黃中膽酸成分結合形成不溶性沉淀，影響藥物吸收。服用胃黏膜保護劑或補鈣制劑時，需間隔2小時以上使用。
地高辛、西地蘭等強心苷類藥物與牛黃中鉀離子存在協同作用，可能誘發心律失常。心功能不全患兒聯合用藥時需監測心電圖及血鉀濃度。
維生素C、阿司匹林等酸性藥物可改變牛黃清心散中生物堿溶解度，加速朱砂中硫化汞的釋放。長期合用可能增加重金屬中毒風險。
利福平、卡馬西平等肝藥酶誘導劑會加速牛黃中有效成分代謝，降低清熱鎮驚效果。癲癇患兒需調整用藥方案或選擇替代藥物。
使用小兒牛黃清心散期間應避免攝入辛辣刺激食物，保持飲食清淡。服藥后適當飲水促進代謝，觀察有無皮疹或消化道反應。嬰幼兒用藥需遵醫囑控制療程，連續服用不超過3天。出現肢體震顫或尿量減少時立即停藥就醫，定期監測肝腎功能指標。運動方面選擇溫和活動，避免劇烈運動加重心臟負荷。
