金梔潔齦含漱液應避免與抗菌藥物、含陽離子成分藥物、降糖藥物、非甾體抗炎藥及免疫抑制劑等合用，可能影響藥效或增加不良反應風險。
金梔潔齦含漱液中的黃芩苷等成分可能干擾抗生素活性，與青霉素類如阿莫西林、大環內酯類如阿奇霉素或喹諾酮類如左氧氟沙星合用時，可能降低抗菌效果。口腔局部使用含漱液后建議間隔2小時再服用抗菌藥物。
含漱液中的鞣質成分會與鋁、鎂、鐵等金屬離子結合形成沉淀，影響含鋁抗酸劑如氫氧化鋁、補鐵制劑如琥珀酸亞鐵或鎂劑如硫酸鎂的吸收。需錯開給藥時間至少3小時。
部分中成藥可能增強胰島素或磺脲類降糖藥如格列本脲、二甲雙胍作用，合用時需密切監測血糖。含漱液雖為局部用藥，但吞咽殘留可能導致潛在相互作用。
與布洛芬、對乙酰氨基酚等解熱鎮痛藥聯用可能增加胃腸道刺激風險。含漱液中的揮發油成分可能加重黏膜損傷，長期使用者需關注消化道癥狀。
含漱液中的梔子苷可能影響環孢素、他克莫司等藥物代謝酶活性，導致血藥濃度波動。器官移植或自身免疫病患者使用前應咨詢醫師。
使用金梔潔齦含漱液期間需避免飲酒及辛辣飲食，用藥后30分鐘內勿進食以保持藥效。每日含漱不超過3次，連續使用不宜超過2周。出現口腔黏膜灼痛或皮疹時應立即停用，糖尿病患者慎用含糖輔料版本。建議用藥前詳細閱讀說明書藥物相互作用項，合并多種慢性病用藥者需經專業醫師評估。
