深部真菌感染可通過兩性霉素B、氟康唑、伏立康唑等藥物治療，通常由免疫缺陷、長期使用廣譜抗生素、侵入性醫療操作、糖尿病控制不佳、器官移植后免疫抑制等原因引起。
兩性霉素B是治療侵襲性真菌感染的基礎藥物，尤其對念珠菌、曲霉菌等具有廣譜抗菌活性。該藥物通過破壞真菌細胞膜麥角固醇結構發揮作用，臨床常用劑型包括兩性霉素B脫氧膽酸鹽和脂質體兩性霉素B。使用期間需監測腎功能和電解質水平，常見不良反應包括寒戰、發熱及腎毒性。
氟康唑作為三唑類抗真菌藥，對白色念珠菌、新型隱球菌等效果顯著。該藥物通過抑制真菌細胞色素P450依賴酶干擾麥角固醇合成，口服生物利用度高且能穿透血腦屏障。適用于泌尿系統、中樞神經系統真菌感染，肝功能異常者需調整劑量，可能出現胃腸道不適或皮疹。
伏立康唑對曲霉菌、鐮刀菌等耐藥菌株具有強效作用，通過雙重抑制真菌細胞膜合成發揮療效。作為第二代三唑類藥物，其組織滲透性優于氟康唑，尤其適用于肺部真菌感染治療。用藥期間需警惕視覺障礙和肝功能異常，建議定期監測血藥濃度。
卡泊芬凈、米卡芬凈等棘白菌素類藥物通過抑制β-葡聚糖合成酶破壞真菌細胞壁，對念珠菌血癥和侵襲性曲霉病效果顯著。這類藥物腎毒性較低，適用于腎功能不全患者，常見不良反應包括靜脈炎和肝功能指標異常。
重癥感染可采用兩性霉素B聯合氟胞嘧啶治療隱球菌性腦膜炎，或伏立康唑聯合卡泊芬凈治療侵襲性曲霉病。聯合用藥能降低單藥劑量相關毒性并延緩耐藥性產生，需根據病原學檢查和藥敏結果個體化調整方案。
深部真菌感染患者需保證每日2000ml水分攝入促進藥物代謝，飲食選擇高蛋白食物如魚肉、雞蛋輔助組織修復，避免生冷食物降低感染風險。恢復期可進行散步、太極拳等低強度運動增強免疫力，長期臥床者需每2小時翻身預防壓瘡。治療期間每周復查肝腎功能，出現視力模糊或持續發熱應立即就醫。
