蓮花峰茶與部分藥物存在相互作用風險，需避免與抗凝藥、降糖藥、鎮靜劑、含金屬離子藥物及單胺氧化酶抑制劑合用。
蓮花峰茶中可能含有的黃酮類成分會增強華法林、阿哌沙班、利伐沙班等抗凝藥物的效果，增加出血風險。服藥期間需監測凝血功能，出現皮下瘀斑或牙齦出血應立即就醫。
茶多酚可能影響胰島素敏感性，與二甲雙胍、格列美脲、西格列汀聯用可能引發低血糖。建議間隔2小時服用，定期檢測血糖水平，隨身攜帶糖果應急。
茶堿成分會拮抗地西泮、艾司唑侖、佐匹克隆的鎮靜作用。失眠患者需調整用藥時間，必要時改用棗仁安神膠囊等中成藥替代茶飲。
鞣酸與鐵劑琥珀酸亞鐵、鈣劑碳酸鈣、鋁劑氫氧化鋁結合形成沉淀物。補鐵期間飲用需間隔4小時，貧血患者優先選擇維生素C配合鐵劑吸收。
茶葉中酪胺與嗎氯貝胺、司來吉蘭等單胺氧化酶抑制劑合用可能引發高血壓危象。抑郁癥患者應選用菊花、玫瑰花等代用茶，避免攝入含酪胺食物。
飲用蓮花峰茶期間需保持每日2000毫升飲水，避免濃茶影響藥物代謝。服藥與飲茶間隔至少1小時，特殊人群可選用茯苓薏仁粥、陳皮山楂飲等藥膳替代。出現心慌、頭暈等不適癥狀時，立即停止飲用并監測血壓血糖。長期服藥者建議咨詢醫師調整用藥方案，必要時進行血藥濃度監測。
