保持器可通過浸泡清潔、機械刷洗、超聲波清洗、專用清潔片、定期深度消毒等方式清潔。
使用溫水或假牙清潔液浸泡保持器5-10分鐘，水溫不超過40℃以避免變形。浸泡能軟化牙菌斑和食物殘渣，適合每日早餐后使用。避免使用含酒精或漂白劑的溶液，可能腐蝕樹脂材質。
選用軟毛牙刷蘸取中性肥皂輕刷保持器內外表面，重點清潔卡槽和邊緣處。刷牙力度需輕柔，防止刮花表面形成菌斑附著點。建議每日睡前配合浸泡同步進行，避免使用牙膏研磨劑。
每周2-3次使用家用超聲波清洗機，通過高頻震蕩去除微觀污漬。選擇專用清潔劑配合3-5分鐘清洗周期，對隱形保持器關節縫隙清潔效果顯著。清洗后需用清水徹底沖洗殘留化學物質。
采用含過碳酸鈉的保持器清潔片溶解于溫水，浸泡15分鐘分解蛋白質沉積。這類氧化類清潔劑能殺滅白色念珠菌等常見微生物，每月使用不超過8次以防材質老化。
每兩周使用稀釋的假牙消毒液如聚維酮碘溶液浸泡30分鐘，殺滅頑固微生物。消毒后需用流動水沖洗2分鐘以上，避免化學殘留刺激口腔黏膜。旅行時可改用獨立包裝的消毒濕巾臨時處理。
保持器清潔需配合日常護理，晨起后清水沖洗去除夜間沉積物，進食前取下存放于專用透氣盒。避免高溫暴曬或酒精擦拭，選擇含維生素E的保持器保濕噴霧可延緩材質氧化。運動后及時清潔汗液鹽分，游泳時建議使用防水存儲盒。每半年使用專業拋光膏處理表面劃痕，定期口腔檢查時攜帶保持器評估清潔狀況。
