胃腸道間質瘤能否治愈取決于腫瘤分期、基因突變類型及治療方式。早期局限性腫瘤通過手術完整切除后治愈率較高，而晚期轉移性腫瘤需綜合靶向治療控制病情。
腫瘤直徑小于2厘米且核分裂象少于5個/50HPF時屬于極低危或低危型，完整手術切除后五年無復發生存率超過90%。術后無需輔助治療，但需每6-12個月進行胃鏡或影像學隨訪。此類腫瘤細胞多存在KIT基因第11號外顯子突變，對靶向藥物敏感率較高。
發生肝臟或腹膜轉移的晚期患者，需長期服用伊馬替尼等酪氨酸激酶抑制劑。約80%患者用藥后腫瘤縮小或穩定，中位無進展生存期可達30個月。耐藥后可通過基因檢測換用舒尼替尼或瑞戈非尼，部分患者可實現帶瘤生存超過5年。治療期間需定期監測肝功能、血常規及心電圖。
日常護理需注意維持高蛋白飲食，適量補充維生素D和鈣劑預防靶向藥物導致的骨質疏松。避免劇烈運動以防腫瘤破裂出血，建議采用散步、太極等低強度活動。心理支持尤為重要，可加入患者互助組織緩解焦慮情緒。出現嘔血、黑便或劇烈腹痛需立即就醫。
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