常有病人對于排卵藥物的使用充滿疑慮，其中有一部份的因素就是關切排卵藥物有無致癌性的效應。以往有些研究認為由于卵巢濾泡液中的生長因子對于體內的細胞或組織會有刺激的作用，有可能誘發細胞的異常增生而導致癌癥，特別是在使用排卵藥物后，較多的卵巢濾泡同時破裂后會釋出更大量的生長因子，可能對往后的健康會有不良的影響。著名醫學期刊Fertility & Sterility 的一篇醫學研究顯示，但是研究人員強調仍然需要長期的研究與追蹤，以期獲得確定的結論。這個研究收集了從1960年至1984年在以色列接受不孕癥治療的1197名病患，加以回溯性評估，平均追蹤年限為十八年。在這個研究中，不孕癥病患若未曾接受排卵藥物治療者，則不會增加卵巢癌，乳癌或其他癌癥的發生率。在 780位曾經接受排卵藥物，如clomiphene citrate與 hMG的病患中，也沒有觀察到會導致卵巢癌發生率增加的現象。若使用口服排卵藥物超過三個周期以上或總劑量超過1000毫克以上者，其發生乳癌的危險性則也不會升高。醫師認為，使用排卵藥物也不會明顯增加癌癥的發生機率。由于這個研究平均追蹤年齡為四十四歲，但是癌癥的發生需要長時間的演變，嚴格而言，作者認為應該追蹤至六十歲后方能獲知比較確切的結論。
