小陰莖可能由遺傳因素、激素水平異常、發育遲緩、下丘腦-垂體病變、染色體異常等原因引起。
部分男性陰莖發育較小與家族遺傳有關，父母體型或生殖器特征可能影響后代發育。這類情況通常不伴隨其他異常，需通過青春期觀察發育進度，必要時檢測睪酮水平。
胎兒期雄激素分泌不足可能導致陰莖發育不良，常見于先天性腎上腺皮質增生癥或母體接觸雌激素類藥物。此類患兒可能合并尿道下裂，需檢測促黃體生成素、游離睪酮等指標。
青春期啟動延遲可使陰莖暫時小于同齡人，多與營養狀況、運動量相關。骨齡檢測顯示落后實際年齡1-2年時，建議加強蛋白質攝入和跳躍類運動促進生長。
顱咽管瘤等占位性病變會抑制促性腺激素釋放，導致睪酮合成障礙。這類患者通常伴隨嗅覺喪失、頭痛等癥狀，需通過MRI確診后采用戈那瑞林脈沖治療。
克氏綜合征47，XXY患者因多一條X染色體導致睪丸功能低下，成年后陰莖常不足3cm。此類患者需長期補充十一酸睪酮，可能出現乳腺發育等第二性征異常。
日常需保證鋅、維生素D等營養素攝入，避免接觸雙酚A等環境雌激素。青春期前陰莖長度小于同齡人2.5個標準差時應就診內分泌科，通過HCG激發試驗判斷睪丸功能。規律游泳、籃球等縱向運動可促進生長激素分泌，但已閉合的骨骺線無法通過運動改變最終尺寸。
