六君子丸需注意過敏體質慎用、避免與滋補中藥同服、忌食生冷油膩、孕婦及兒童遵醫囑、長期服用需監測肝腎功能。
六君子丸含黨參、白術等成分，對其中任一成分過敏者可能出現皮膚瘙癢、紅腫等反應。初次服用建議減半劑量觀察，出現皮疹或呼吸困難需立即停藥就醫。過敏體質人群使用前應咨詢中醫師進行成分篩查。
本品不宜與人參、阿膠等滋補類中藥同時服用，可能影響脾胃運化功能。與西藥聯用需間隔2小時以上，特別是免疫抑制劑、降糖藥等。服用期間需避免攝入濃茶、咖啡等刺激性飲品。
服藥期間需忌食冰淇淋、肥肉等生冷油膩食物，以免加重脾胃負擔。建議選擇小米粥、山藥等易消化食材，烹調方式以蒸煮為主。空腹服用可能引起胃部不適，建議餐后30分鐘溫水送服。
孕婦需經中醫辨證后使用，妊娠早期慎用。兒童用量需按體重折算，通常為成人劑量的1/3-1/2。哺乳期婦女服用后需觀察嬰兒有無腹瀉等不良反應，建議用藥期間暫停哺乳。
連續服用超過4周需定期檢查ALT、AST等肝功能指標。慢性病患者服藥期間出現口干、便秘等不適，應及時調整用藥方案。糖尿病患者需監測血糖變化，避免白術等成分影響糖代謝。
服用六君子丸期間可配合八段錦、太極拳等舒緩運動增強脾胃功能，飲食推薦茯苓薏米粥、陳皮紅棗茶等藥膳調理。儲存時需密封避光，發現丸劑變色結塊應停止使用。感冒發熱期間暫停服用，癥狀緩解后需重新辨證用藥。脾胃虛弱者建議在中醫指導下制定個性化調理方案，結合艾灸足三里等穴位改善吸收功能。
