手足口病后遺癥較少見，多數患兒痊愈后無長期影響，少數可能出現神經系統損害、心肌炎或指甲脫落等并發癥。
1、神經系統損害：
腸道病毒71型感染可能引發腦炎或腦膜炎，表現為持續頭痛、肢體無力或認知功能障礙。這類情況需神經內科評估，通過腦電圖、核磁共振等檢查明確損傷程度，康復治療包括營養神經藥物和功能訓練。
2、心肌損傷：
柯薩奇病毒A16型感染可能導致心肌酶升高，出現心悸、活動耐力下降等癥狀。建議定期復查心電圖和心臟超聲，避免劇烈運動，必要時使用輔酶Q10等心肌營養藥物。
3、指甲改變：
約5%患兒在發病后2-4周出現指甲橫溝博氏線或片狀脫落，這與病毒感染影響甲母質有關。一般無需特殊處理，新生指甲3-6個月可完全替換病甲。
4、皮膚色素沉著：
皰疹消退后可能遺留暫時性褐色斑疹，多見于手掌足底部位。通常半年內逐漸淡化，外出時做好防曬可加速恢復，避免使用刺激性護膚品。
5、吞咽功能障礙：
重癥患兒口腔潰瘍嚴重時可能形成進食恐懼心理，表現為長期拒食或咀嚼困難。建議循序漸進引入溫涼流食，配合言語治療師進行吞咽訓練。
康復期需保證優質蛋白和維生素攝入，如雞蛋、魚肉及深色蔬菜，促進黏膜修復。每日保持適量戶外活動，但避免人群密集場所。觀察患兒精神狀態、進食量及肢體活動情況，若出現行走不穩、持續嗜睡或胸痛等癥狀應及時復診。恢復后6個月內建議每月測量身高體重，評估生長發育是否受影響。
