龍膽瀉肝丸的副作用可能包括胃腸道不適、過敏反應、肝腎功能異常、電解質紊亂、藥物相互作用等。
龍膽瀉肝丸中的苦寒成分可能刺激胃腸黏膜，常見癥狀為惡心、腹脹或腹瀉。脾胃虛寒者更易出現此類反應，建議飯后服用以減輕刺激。長期過量使用可能加重消化道癥狀。
部分人群對黃芩、梔子等成分敏感，可能出現皮膚瘙癢、紅疹或呼吸困難。過敏體質者用藥前應咨詢醫師，出現蕁麻疹需立即停藥并抗過敏治療。
該藥含關木通部分制劑已替換為川木通，歷史報道顯示大劑量使用可能引發馬兜鈴酸腎病。用藥期間需監測肝腎功能指標，避免與對乙酰氨基酚等肝毒性藥物聯用。
利尿成分可能導致低鉀血癥，表現為肌無力或心悸。高血壓患者聯合使用利尿劑時需特別注意，可適當增加香蕉、菠菜等富鉀食物攝入。
與華法林合用可能增強抗凝效果，增加出血風險；與降糖藥聯用或致血糖波動。慢性病患者需告知醫師用藥史，避免自行疊加使用其他中成藥。
使用龍膽瀉肝丸期間應避免辛辣油膩飲食，適當飲用山藥粥調理脾胃。出現持續頭暈或尿量異常需及時就醫，服藥兩周癥狀未緩解應重新評估辨證。運動員慎用該藥，部分成分可能導致興奮劑檢測異常。肝陽上亢型高血壓患者可在醫師指導下配合菊花決明子茶輔助降壓。
