螺旋藻雖營養豐富，但過敏體質者、自身免疫疾病患者及苯丙酮尿癥患者不宜食用。螺旋藻可能誘發過敏反應、加重免疫紊亂或導致苯丙氨酸代謝異常。
螺旋藻含藻藍蛋白等致敏成分，過敏體質者食用后可能出現皮膚瘙癢、蕁麻疹或呼吸道水腫。既往對海產品、藻類過敏的人群風險更高，需嚴格避免。若誤食后出現過敏癥狀，需立即停用并就醫抗過敏治療。
系統性紅斑狼瘡、類風濕關節炎等患者免疫系統異常活躍，螺旋藻中的多糖成分可能刺激免疫細胞增殖，加重炎癥反應。臨床觀察顯示部分患者食用后關節腫痛、皮疹等癥狀加劇，建議通過常規免疫抑制劑控制病情。
螺旋藻富含苯丙氨酸，該遺傳代謝疾病患者因酶缺陷無法正常代謝此氨基酸。過量攝入會導致血苯丙氨酸濃度升高，損傷神經系統發育。這類患者需終身采用低苯丙氨酸飲食，嚴格禁用螺旋藻制品。
普通人群食用螺旋藻建議每日不超過10克，避免空腹服用以減少胃腸刺激。可搭配維生素C促進鐵吸收，但需與含鈣食物間隔2小時以防相互影響。長期服用者應定期檢測肝腎功能，孕婦及兒童需在營養師指導下使用。選擇產品時認準正規廠商資質，避免重金屬污染風險。
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